Formát třípalcového CD singlu byl představen v Japonsku v roce 1988 a stal se pro svou jedinečnost vyhledávaným sběratelským artiklem pro mnoho fanoušků. V žádné jiné zemi se třípalcová cédéčka, která velmi rychle nahradila standardní singly na 7" vinylu, nerozšířila tak jako v Japonsku. Všech devatenáct drobných disků z let 1988 až 1995 je baleno do zvláštních krabiček s plastovou kostrou a papírovým obalem s obrázkem a textem japonským písmem i latinkou.

Úplně prvním takovým Madonniným CD je singl Spotlight 10SW-21, který nebyl vydán nikde jinde ve světě, nýbrž pouze v Japonsku. Navíc tento disk obsahuje velmi vzácná editní provedení remixů Spotlight a Where's The Party z alba You Can Dance, která jsou ve zbytku světa promo-only. Z evidentních důvodů proto sahá cena toho disku přes patnáct set korun i výše.

Nejvíce těchto krásných raritek bylo vydáno k propagaci alba Like A Prayer v roce 1989 a najdeme na nich navíc i mnohdy velmi vzácné verze a remixy. CD singl Like A Prayer 10P3-6112 nejenže je narozdíl od maxisinglů v obalu s Madonninou fotkou, ale navíc obsahuje i 7" Version, obvykle k nalezení na 7" singlu. Stejně jako na zbývajících singlových formátech všude ve světě byla jako b-side použita z pochopitelních důvodů skladba Act Of Contrition. Následující vzácný singl Express Yourself 09P3-6147 obsahuje albové verze titulní skladby a The Look Of Love. Jako třetí singl k albu Like A Prayer byla i v Japonsku vydána písnička Cherish. Na 3" disku 09P3-6175 nalezneme v tomto případě rozšířenou 7" Version a pak také na žádném albu nevydanou písničku Supernatural, stejně jako ve všech zemích, kde byl singl vydán. Úplně nejvzácnějším 3" singlem z Japonska je Oh Father 09P3-6206, a to hned z několika důvodů. Jednak obsahuje na CD komerčně jinak nedostupný Edit skladby a zadruhé je to jediné CD, na jehož žlutém obale najdeme fotku klečící Madonny, která byla použita jinak jen na magnetofonových kazetách. V Evropě byl singl Oh Father také vydán, i když až v roce 1995, ale s jiným přebalem. Cena japonského Oh Father tak sahá přes dva tisíce korun. Poslední singl z alba Like A Prayer Keep It Together WPDP-6216 obsahuje Single Remix a Instrumental, které jsou obě dostupné i na komerčních maxisinglech. I tak je však dosti namáhavé tento singl získat, jelikož neexistuje mnoho kopií. Skladba Dear Jessie v Japonsku jako singl nevyšla.

Později vydaná 3" CD nejsou většinou až tak ceněná pro svůj obsah, nicméně i tak jsou to pěkné kousky do sbírky. Oba dva singly k albu I'm Breathless z roku 1990 Vogue a Hanky Panky byly vydány s obvyklými dostupnými mixy i v obalech s běžnými obrázky. Na disku Vogue WPDP-6227 nalezneme Single Version, s unikátním intrem odlišným od albové verze, a Bette Davis Dub. Na CD Hanky Panky WPDP-6235 pak najdeme albové verze titulní skladby a písničky More.

Na prvním singlu k výběrovému albu The Immaculate Collection Justify My Love WPDP-6261 byla vydána albová verze a známý remix Shepa Pettibonea hitu Express Yourself. Na disk druhého singlu Rescue Me WPDP-6267 byl kromě Album Version vybrán na CD komerčně jinak nedostupný a vzácný Alternate Single Mix, který je jinak na kompaktním disku získatelný jen na americkém promo CD.

Soundtrackový song This Used To By My Playground k filmu A League Of Their Own byl vydán v Japonsku na CD WPDP-6304 s Album Version a Long Version.

Další čtyři singly spatřily světlo světa u příležitosti propagování alba Erotica z roku 1992. První tři mají identické tracklisty s americkými CD singly. Oproti předchozím diskům nesou navíc ještě logo Maverick Records. Erotica WPDP-6310 obsahuje LP Version a zajímavou Instrumental, na Deeper And Deeper WPDP-6316 nalezneme Edit a opět také Instrumental a na Bad Girl WPDP-6321 Edit titulní skladby a Album Version Fever. Čtvrtý singl se v Japonsku od Spojených států liší. Je jím Bye Bye Baby, skladba která v USA vydána na singlu nebyla. Tracklist disku WPDP-6347 doplňuje Radio Remix Rain.

Singl I'll Remember WPDP-6351 k filmu With Honors s albovými verzemi I'll Remember a Secret Garden z alba Erotica byl balen do černého přebalu typického pro USA.

Album Bedtime Stories z roku 1994 je posledním albem, kterému se dostalo třípalcových japonských singlů. Tracklisty prvních dvou jsou opět identické s americkými pětipalcovými ekvivalenty. Secret WPDR-3011 obsahuje Album Version a Instrumental a Take A Bow WPDR-3020 Album Version a InDaSoul Mix. Singl Bedtime Story v Japonsku vydán nebyl, a tak je posledním japonským CD singlem následující podivný kousek. Je jím CD La Isla Bonita / Human Nature WPDR-3027. Na přední straně obalu je obrázek z videoklipu Take A Bow použitý ve zbytku světa na vnitřní nebo zadní straně přebalu Bedtime Story a na zadní straně najdeme fotku typickou pro singl Human Nature. První písničkou tohoto disku je devět let starý hit La Isla Bonita, který byl právě jen v Japonsku přidán jako bonus na disk Something To Remember s Madonninými nejlepšími baladami. Human Nature figuruje na druhém místě, a to pouze v cenzurované Radio Version. Tyto poslední tři singly jsou jediné s barevně potištěnými disky. Ostatní jsou bezbarvé, pouze s černým potiskem se seznamem skladeb.